「在外国民登録令」の実施で対立
１９４９年１月２０日には、東京都中央区銀座の服部ビル４階に「駐日本大韓民国代表部」が設置され、曺正煥博士が初代公使に赴任する。
そして、韓国政府は１９４９年８月１日に「在外国民登録令」を公布した。在日同胞は外国人登録に国籍が「朝鮮」になっていたため、民団としては「大韓民国」への変更は当然な課題だった。
「民団」は「在外国民登録令」公布の１年前から全国の地方本部で「在外国民登録」事業の準備をすすめた。それで、「民団」は、１９４９年１１月に「国民登録委員会」を設置して、実施準備に態勢を整えた。
１９５０年２月１１日に大統領令で「在外国民登録実施令」が施行されて、「民団」も本格的に事業を始めた。
「民団」は、「国民登録を怠る者は国民としての資格を喪失する。無国籍人になることを望む以外の者は登録しよう」と宣伝活動を展開した。
「朝連」が「民団山口」を襲撃
北を支持する「朝連」としてはメンバーの動揺を防ぐために「民団」に対する攻撃を激化させた。「民団５０年史」などによると、「朝連」は１９４９年８月１９日午後１１時頃、山口県下関市内の「朝連」事務所前で集会を開いて、「民団」を非難した。集会後、「民団」団員と「朝連」メンバーが路上で遭遇し、乱闘事件になって、双方に負傷者が出た。
「朝連」側は報復として、深夜の８月２０日午前２時頃、「朝連」自治隊２００人が凶器を持って、民団山口県本部を襲撃した。また、下関市内の民団幹部や団員たちの自宅を襲って暴行し破壊した。　朝連の自治隊はさらに、略奪や婦女暴行まで無差別に暴力を振るった。
この事件で「民団」団員は１６０人が負傷し、当時のお金で４１０余万円の被害を受けた。拉致された「民団」幹部は９人に及んだという。
警察当局は、翌日の８月２１日、「下関事件合同警備本部」を設置し、市内各所に検問所を設けて治安回復に出た。最終的には「民団」「朝連」の構成員ら合わせて２０８人が検挙（そのうち、「朝連」自治隊が１３１人）され、７５人が起訴された。
宮城・仙台での「民団」「朝連」の衝突
「民団」と「朝連」の衝突は当然、全国的だった。東北の宮城県仙台でも激しく衝突した。
地元で当時の「朝連」を知る元総連関係者は「仙台の『朝連』は、解放直後は南と北を区分しなかった」と話す。ところが、南と北の分断が動かし難い現実になるや、「南につくか、北につくかでもめて、事件も大きくなっていった。朝連を支持する人の中には、刑務所に入れられた人もいた」と振り返る。
また、当時父親が「民団」宮城の役員を務めていた民団員は、「『朝連』の連中が１００人ぐらいで自宅に押し寄せて来て、ちょうど居合わせた親戚が足腰も立たないぐらい殴られた」と回顧する。
そのため、民団役員の父親は、いつ「朝連」から襲撃されるかわからなかったため、いつも猟銃を枕元に置いて寝ていたともいう。
仙台では「朝連」の挑発が目立った。１９４８年１０月に「評定河原事件」いわゆる「国旗掲揚事件」を起こしていた。「朝連」は北に政権ができたことを祝賀する行事を全国で開催したが、宮城県でも、仙台市評定河原運動場で祝賀会を兼ねた体育大会のとき、ＧＨＱから禁止された北の旗を掲げて騒動になった。
そして、翌年７月に、「塩釜事件」が発生する。同事件は、「民団」団員が電柱に宣伝ポスターを貼っていたところ、「朝連」の盟員がそれを破るなど妨害したことから始まった。「民団」側は、ポスターを剥がした「現行犯」を塩釜支部に連れて行って、わび状を書かせた。「朝連」は塩釜市警察に要請して、盟員を民団塩釜支部から取り戻した。
これに対して、「民団」は翌日の１５日、「朝連」を糾弾する集会を仙台市内で開催し、「朝連」も塩釜市内で集会を開いた。「朝連」側は、仙台市内から帰ってくる「民団」団員を待ち伏せ、小競り合いにも発展した。
そして、１９日には、「民団」と「朝連」が塩釜市内で同じ時間と場所で集会を開いた。双方が一触即発の険悪なムードになったが、警察当局が出動して衝突を防いだ。こういう事態はＧＨＧによる「朝連」「建青」解散命令の契機になる。